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Grundsätzlich gilt, dass Rohmilchkäse eher gesundheitsgefährdende Keime enthalten kann, als Käse aus pasteurisierter Milch.
Milch wird üblicherweise in Deutschland wärmebehandelt. Dadurch werden mögliche gesundheitsgefährdende Keime wie Campylobacter, Salmonellen, Listerien und Verotoxin bildende Escheria coli abgetötet. Diese Keime können Durchfall oder auch schwere Bauchkrämpfe und Fieber auslösen, sie können Symptome ähnlich einem grippalen Infekt, aber auch Herzrhythmusstörungen verursachen. Daher wird empfohlen, dass Kleinkinder, ältere und immungeschwächte Menschen, Schwangere und Stillende auf Rohmilch und Rohmilchprodukte verzichten sollten.
Zur Bewertung von Rohmilchkäse ist wichtig, dass insbesondere frischer Weichkäse eher diese gesundheitsgefährdenden Keime enthalten kann, als Hartkäse (zu dem Emmentaler zählt), der monatelang lagert.
