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Leinsamen können sogenannte cyanogene Glykoside enthalten. Daraus kann beim Essen hochgiftige Blausäure entstehen. Zu viel davon führt möglicherweise zu Kopfschmerzen, Atemnot oder Schwindel, in schweren Fällen sogar zu Koma oder Tod. Dazu ist es nach dem Konsum bitterer Mandeln schon gekommen, allerdings nicht durch den Konsum von Leinsamen. Laut Bundesinstitut für Risikobewertung gelten eine Menge von 15 Gramm rohen Leinsamen pro Mahlzeit (etwa 2 EL) als unbedenklich.
Seit Januar 2023 findet man auf verpacktem Leinsamen gelegentlich den Warnhinweis „Nur zum Kochen und Backen verwenden. Nicht roh verzehren!". Eine EU-Verordnung hat einen Höchstgehalt von 150 Milligramm Blausäure pro Kilogramm Leinsamen festgelegt. Sobald der Hersteller einen Hinweis im Hauptsichtfeld der Verpackung anbringt und darüber informiert, dass Leinsamen vor dem Essen erhitzt werden muss, liegt der Grenzwert bei 250 Milligramm pro Kilogramm.
Werden Leinsamen beim Backen oder Kochen erhitzt, können sie bedenkenlos verzehrt werden. Blausäure verflüchtigt sich bereits bei Temperaturen über 25 Grad.
Neben Blausäuren können Leinsamen aber auch nennenswerte Mengen an Cadmium enthalten. Cadmium ist ein in Böden enthaltenes giftiges Schwermetall, das auf Dauer die Nieren schädigen kann. Besonders bei regelmäßigem Verzehr von Leinsamen sollte man nicht mehr als 20 Gramm täglich zu sich nehmen, um die positiven Wirkungen des Leinsamens nicht durch eine zu hohe Schwermetallaufnahme zu überlagern. Die Menge an Cadmium wird durch Erhitzen nicht verändert.
Geschroteter oder gequetschter Leinsamen bietet den Vorteil, dass der Körper die enthaltenen Inhaltsstoffe besser und schneller für sich nutzen kann. Sie können die Leinsamen auch mörsern oder in der Kaffeemühle mahlen. Je größer die Oberfläche wird (bei gemahlenen Leinsamen also am stärksten), desto weniger haltbar sind sie. Am besten also möglichst vor dem Verzehr zerkleinern. Wichtig ist, immer ausreichend dazu zu trinken, damit die Samen gut quellen können. Ganze Leinsamen sollten Sie am besten vorher bereits in Wasser quellen lassen.
Leinsamen ist als natürliche Verdauungshilfe bekannt. In der Schale sind viele Schleimstoffe enthalten. Diese quellen im Darm auf und regen die Verdauung an. Zusätzlich tritt beim Quetschen das im Samen enthaltene Leinöl aus, was die Darmpassage erleichtern kann. Das Öl liefert zudem wertvolle Omega-3-Fettsäuren.